开元寺宋、元代有支院百二十所，“食指常万”。现存十分之一、二，面积尚有百余亩。开元寺中轴自南至北建筑群依次为：（1）照墙“紫云屏”。（2）山门即天王殿，悬朱熹撰，李叔同书之“此地古称佛国，满街都是圣人”楹联。拜亭和拜庭，古容垂阴，旁列唐宋石塔，石经钟。（3）大雄宝殿，重檐歇山式，九开间六进深，有柱96根，又得名“百柱殿”。殿供“五方佛”雕像。殿顶斗拱雕刻飞天乐伎24尊，别具一格。殿中铁铸香炉为清代郑芝龙供奉。殿前月台基座砌有青石浮雕72幅，殿廊柱有雕刻印度神话故事的精美青石方柱两根系泉州婆罗门教寺遗物，为明代修殿时移用。（4）甘露戒坛。唐有甘露井，宋建坛，明重建，为重檐八角攒尖式。坛顶部如意斗拱层叠如藻井，繁复精巧，斗拱雕饰飞天乐伎。坛供佛分五级，自上而下依次为卢舍那佛；菩萨四尊；金刚八位；护三扳；护五戒神主牌头六十四座。据载，明末清初泉州甘露戒坛与北京戒坛寺、杭州昭庆寺为全国仅存三大戒坛。（5）藏经阁，元初为法堂，后废，1925年重修为两层水泥仿木结构，藏经颇丰，以宋、明刻本最珍。楼下陈列宋代以后铜、铁钟12口。

    寺两厢有长廊。东侧有檀樾祠、准提寺（俗称小开元）、东璧寺，西侧有功德堂、尊胜院（又称阿弥院殿），后改为水陆寺，现改建为泓一法师纪念馆。西长廊外侧有唐植古桑树一株，老干雷轰为三，仍然枝叶繁茂。相传黄守恭“桑开白莲”献地建寺。两廊外草坪上有东西双塔凌空对峙。