清净寺面积2100平方米，现在主要建筑在门楼，高20米、宽45米，辉缘石和白花岗石构筑，三层穹形尖顶拱门。门顶为“望月台”，为阿訇登台观新月决定开斋月期之处。台三面筑回字形砖垛，如城堞。门额阿拉伯文石刻：“真主秉公作证，除他外，绝无应受崇拜的……”上方悬匾额“万殊一本”。

    门楼西侧为礼拜殿，称“奉天坛”，占地600平方米，屋盖早塌，仅留石壁。南向街石壁高14米，厚1.1米，开八个长方形大窗，其上石刻阿拉伯文古兰经句二行。西墙中外凸有龛为讲经坛，两边各三龛有阿文古兰经句石刻。

    门楼东侧为“祝圣亭”。壁东右侧嵌有石碑记两方，一为元代吴鉴撰文《建立清净寺碑记》；一为明代李光缙重修碑记。对门楼北墙有明成祖保护回教敕谕石刻。

    寺西北侧为明善堂，闽南建筑三开间二进，作为小礼拜堂。其右侧有伊斯兰教史料陈列馆及接待室。